На берегах озера Имандра расположены крупнейший комбинат по добыче и переработке апатитовых месторождений, медно-никелевое плавильное и железорудное производство, построена атомная электростанция на прямоточной системе охлаждения, проживает более 300 тыс. человек, что составляет почти 35% от общего числа жителей Мурманской области. По берегам озера проходят железная и автомобильная федеральные дороги. Более полувека само озеро, водоемы и водотоки его водосбора используются как источник технического и питьевого водоснабжения, в интересах рекреации и туризма, рыбного промысла. Все это приводит к высокой антропогенной нагрузке на озеро. Выделены четыре временных периода, с которыми связаны антропогенные модификации:

1) допромышленное состояние, соответствующее природным показателям (до 1940 г.);

2) период нарастания антропогенной нагрузки, когда загрязнение стало превалировать над самоочищением вод (1940-1970 гг.);

3) максимального загрязнения, когда деградационные процессы в экосистеме достигли наибольшего развития (1970-1990 гг.);

4) период снижения антропогенной нагрузки, когда обозначились тенденции к улучшению качества вод и восстановлению экосистемы (1990-2000 гг.).

Среди основных производств - источников загрязнения озера Имандра, выделяются следующие: горнодобывающая промышленность (ОАО "Апатит", города Апатиты и Кировск), металлургическая промышленность (Кольская ГМК, ОАО "Североникель", г. Мончегорск), железорудное производство (ОАО "Олкон", г. Оленегорск), энергетический комплекс (Кольская АЭС, Апатитская ТЭЦ, каскад Нивских ГЭС), а также муниципальные стоки городов. 

Промышленное освоение единственных в мире по своему масштабу апатит-нефелиновых месторождений на берегах оз. Имандра с огромными запасами фосфатов было начато в 30-е годы нашего столетия. В 1929 г. был введен в строй Апатитовый рудник, а в 1931 г. - первая обогатительная фабрика (АНОФ-1). Именно с этого времени в восточную часть Имандры по р. Белой начали поступать без очистки сточные воды. Апатитовая индустрия планомерно набирала мощность и к 1938 г. производила более 1 млн т апатитового концентрата. В годы второй мировой войны работа рудников и обогатительных фабрик была остановлена, а производственные мощности переориентированы на оборонную промышленность (производство желтого и гранулированного фосфора и др.). В послевоенный период апатитовая индустрия стремительно набирает мощность.

Стоки от АНОФ-1 поступали в хвостохранилище, построенное в верховьях р. Жемчужной. Дальнейшее развитие горно-перерабатывающей промышленности в Хибинах продолжалось в 1956-1965 гг., в период освоения Юкспорского и Расвумчоррского месторождений и ввода в эксплуатацию крупных карьеров. В 1963 г. была пущена в эксплуатацию вторая обогатительная фабрика (АНОФ-II), мощность которой в 1978 г. достигла 10 млн т концентрата в год.

Одновременно со строительством АНОФ-II был сооружен отстойник-накопитель в губе Белой оз. Имандра площадью 3,4 км². Крупная фракция апатито-нефелиновых отходов осаждалась, а осветленная часть стоков с высоким содержанием мелкодисперсных взвесей (0 < 0,2 мкм) сбрасывалась в губу Белая. Периодически случались аварийные сбросы. Ежедневно для производственных целей фабрика забирала 400 тыс. м³ чистой воды.

Загрязнение озера интенсивно продолжалось, и в конце 1970-х гг. достигло максимума - ежегодно сбрасывалось 240 млн м³ отходов. В составе сточных вод в водоем вносились тысячи тонн взвешенных веществ: сульфатов, хлоридов, фосфора, нефтепродуктов и других загрязняющих веществ, также в их составе присутствовали остаточные концентрации токсичных органических веществ, применяемых в процессе флотации апатитонефелиновых руд (ОП-4, таловые масла и др.). Прозрачность вод в губе Белая в этот период составляла всего 0,5-1,0 м. К 1970-м гг. на прилегающей акватории оз. Имандра сформировалась техногенная залежь апатитонефелиновых пород высотой до 8 м. В сентябре 1978 г. ввод первой очереди комплекса с использованием в технологическом процессе частичного оборотного водоснабжения позволил снизить объем сброса сточных вод, а к концу 1980 г. обогатители перешли на 80%-ный водооборот.

В дальнейшие годы наметилась тенденция снижения сброса сточных вод, что связано с сокращением производства вследствие экономического кризиса, а с 1997 г. объем сточных вод опять стал резко увеличиваться. В 1999 г. в водные объекты было внесено 1000 т сульфатов, 300 т хлоридов, более 115 т соединений азота и около 200 т взвешенных веществ, 75 т фторидов, 85 т органических веществ, 10 т фосфатов, более 4 т нефтепродуктов.

В 1938 г. на берегу озера был построен комбинат "Североникель", включающий плавильный комплекс по получению меди, никеля, кобальта, а также золота, серебра, платины и селена. До 1960 г. использовалась местная руда (рудник "Ниттис-Кумужье" на водосборе оз. Имандра) с высоким содержанием металлов и низким содержанием серы. Дополнительно (с 1946 г.) также использовалась руда из рудника "Каула" (23% серы) в Печенгском районе вблизи российско-норвежской границы. До 1950 г. производство никеля и меди не превышало 10 000 и 6300 т соответственно. В 1960 г. после расширения и реконструкции комбината его продукция увеличилась в 2,7 раза.

С 1940 г. комбинат сбрасывает сточные воды в северо-западную часть оз. Имандра - губу Монче. Объем сточных вод в 1970 г. составлял 25 млн м³/год. С 1973 г. в производстве в основном стала использоваться руда из Норильска (400 тыс. т/год), содержание сульфатов в которой в три раза выше, чем в местном сырье. Одновременно возросло загрязнение водосборной площади озера за счет атмосферного переноса. На дне залива - губы Монче - уже к 1978 г. образовалась техногенная залежь, где концентрация никеля приближалась к исходной в медно-никелевых рудах - более 1%. Объем сточных вод в период 1976-1999 гг. изменялся в пределах 15-27,2 млн м³/год. В их составе присутствуют никель, медь, кобальт, нефтепродукты, взвешенные вещества, токсичные флотореагенты: ксантогенат бутиловый и дитиофосфат крезиловый. Несмотря на ввод ряда очистных сооружений и оборотных систем водоснабжения, сточная вода, поступающая в озеро, остается крайне загрязненной тяжелыми металлами. В 1999 г. комбинатом было сброшено более 15 млн м³ сточных вод. В результате в озеро поступило 62 тыс. т сухого остатка, 31 тыс. т сульфатов, 6 тыс. т хлоридов, 278 т взвешенных и 65 т органических веществ, более 10 т азотистых соединений, около 32 т никеля, 2,8 т железа, 2,5 т меди.

С 1955 г. в северной части водосбора оз. Имандра действует Оленегорский горно-обогатительный комбинат, который добывает и обогащает железные руды - магнетит-гематитовые кварциты. "Хвосты" обогатительного процесса содержали огромное количество тонких взвесей, представленных минералом гематитом. Оседая, эти взвешенные частицы сильно загрязняли донные отложения и резко повысили в них содержание железа (до 5-10%), марганца и ванадия. До 1975 г. стоки комбината поступали в оз. Пермус, и далее, в северную часть плеса Большая Имандра; в состав стоков входили гематитовые шлаки, железо, марганец, ванадий. В 1975 г. на производстве было введено 100%-ное оборотное водоснабжение, позволившее сократить объем стоков. Несмотря на замкнутое водоснабжение, загрязняющие вещества в том или ином объеме, продолжают поступать в губу Куреньга оз. Имандра. В эту же часть озера поступают сточные воды Оленегорского механического завода, содержащие медь, цинк, взвешенные вещества, фенолы и нефтепродукты.

Одновременно с промышленными отходами в одни и те же участки озера поступают и хозяйственно-бытовые стоки городов и поселков, что приводит к параллельному с токсичным загрязнением эвтрофированию водоема. На водо­сборной площади озера в настоящее время проживает около 300 тыс. человек, причем надо отметить, что удельный вес городского населения в Мурманской области составляет 92%. Общий объем коммунальных стоков составлял ранее порядка 100 тыс. м³/сут.

Река Белая вытекает из оз. Большой Вудъявр, и, принимая по пути хозяйственно-бытовые и ливневые воды городов Кировск и Апатиты, впадает в губу Белая оз. Имандра. В губу Монче одновременно со стоками "Североникеля" поступают хозяйственно-бытовые стоки г. Мончегорска.

Оз. Пермус, связанное небольшой протокой с Большой Имандрой, является питьевым источником г. Оленегорска. Кроме загрязненного Комариного ручья, принимающего сточные воды Оленегорского механического завода, в озеро через другие водотоки поступают недостаточно очищенные сточные воды предприятий Минобороны РФ и ряда мелких предприятий. Водоем также испытывает влияние расположенной вдоль озера автомагистрали Мурманск - Санкт-Петербург. В зоне негативного влияния ОАО "Североникель" находится источник питьевого водоснабжения г. Мончегорска - оз. Монче, а влияние ОАО "Апатит" негативно сказывается на качестве всего оз. Имандра, как источника питьевого водоснабжения г. Апатиты. Таким образом, все источники водоснабжения в той или иной степени находятся под воздействием загрязнения.

Анализ динамики поступления сточных вод до 1999 г. показывает максимум нагрузки в 1983-1987 гг., незначительную стабилизацию и постепенное снижение в последнее десятилетие. Нагрузка от хозяйственно-бытовых стоков на озеро по фосфору ориентировочно оценивается в 500 т в год. Поэтому с 1990 г., несмотря на хорошее обогащение воды кислородом и высокий водообмен, в придонных слоях происходило накопление органического вещества и создавались бескислородные условия в подледный период.

В 1934 г. на единственном стоке из оз. Имандра - р. Нива - была сооружена ГЭС Нива-II, приведшая к зарегулированию стока, что нарушило естественный ход колебаний уровня воды в озере. Наибольший ущерб связан с затоплением больших площадей искусственными водохранилищами, что вызвало существенные потери леса, преграждение путей и ликвидацию традиционных мест нереста ценных пород рыб. В процессе эксплуатации ГЭС отмечались случаи сброса воды из водохранилищ больше обычного, что вызывало неоднократное обсыхание прибрежной полосы и гибель отложенной икры. В энергетический комплекс входит также Апатитская ТЭЦ, сбрасывающая в р. Белая более 10 тыс. м³/сут.

В 1973 г. на берегу оз. Имандра была введена в строй Кольская АЭС. Для охлаждения агрегатов станция забирает воду из Йокостровской Имандры и сбрасывает в подогретом на 10-12 °С состоянии в Бабинскую Имандру. До 1984 г. было возведено два блока мощностью по 440 МВт, расход воды при этом составлял 40 м³/сут. Впоследствии введено в эксплуатацию еще два блока, общий расход воды в период максимальной нагрузки станции составлял около 80 м³/сут. Сброс подогретых промышленных вод, используемых для охлаждения реакторов Кольской АЭС, привел к повышению температуры воды, активизации круговорота элементов и биохимических процессов в водоеме.

В отводной канал КАЭС поступают также сточные воды предприятия (объем около 5 тыс. м³/сут), промышленно-ливневой канализации и хозяйственно-бытовые (объем около 400 м³/сут) после прохождения через очистные сооружения.

Термальный фактор воздействует локально и характерен только для губы Молочной оз. Имандра. Общий объем подогретых и сточных вод, сброшенных Кольской АЭС в оз. Имандра в 1999 г., составил 1536,27 млн м³. Подогретые воды поступают в губу Молочная с температурой, превышающей температуру воды, забираемой из плеса Йокостровская Имандра, в среднем на 1°С. В настоящее время влияние подогретых вод на термический режим оз. Имандра распространяется примерно на 25-30 км². В 1973 г. изменения затрагивали только внутреннюю часть губы Молочной - расстояние до 1,5 км от устья сбросного капала. В зимний период размер полыньи не превышал 2 км². В тот же период 1984 г. при сходных метеорологических условиях незамерзающая акватория составляла 4,5-6,0 км².

Аэротехногенная нагрузка на Кольском Севере связана, прежде всего, с функционированием медно-никелевых металлургических комплексов и трансграничным переносом воздушных масс из индустриальной Европы в Арктику. Приоритетными загрязнителями воздуха Кольского п-ова, включая водосбор оз. Имандра, среди жидких и газообразных веществ являются сернистый газ (91,2%) и монооксид углерода (2,8%), среди твердых - апатитонефелиновая пыль (62%) и неорганическая пыль (37%), в том числе тяжелые металлы.

Массовым загрязнителем является сернистый газ. Современный региональный уровень выпадения антропогенной серы на водосбор оз. Имандра оценивается в 1-3 г/м² год. Комбинат "Североникель" выбрасывает в атмосферу около 40% от общего количества отходящего газа.

Наибольшую опасность в выбросах представляют тяжелые металлы. Выпадение металлов в зимний период на водосборе оз. Имандра (район Лапландского заповедника) составляет никеля - 15 мкг/м² сут, меди - 8 мкг/м² сут. Вблизи комбината "Североникель" на открытую местность выпадает никеля - 400 мкг/м² сут, меди - 430 мкг/м² сут.

Выбросы сернистого газа привели к закислению водосбора, особенно малых озер, в районе Чуна, Волчьих и Сальных тундр, сложенных гранитогнейсовыми формациями.

Помимо сосредоточенных сбросов, в природные воды поступают загрязнения с водосборной поверхности. Приведенные материалы показывают, что озеро загрязняется как в результате различных по характеру стоков, так и за счет выпадения загрязняющих веществ из атмосферы.

Деятельность металлургического комбината "Североникель" и горнопромышленного комплекса ОАО "Апатит" связана со сбросом сточных вод и аэротехногенным загрязнением. Прозрачность вод снижается вследствие поступления больших объемов взвесей. Особую экологическую опасность представляют мелкодисперсные взвеси обогатительного производства. Они способны мигрировать на значительные расстояния и даже после осаждения играть значительную роль в процессах вторичного загрязнения водоемов, которые особенно обостряются в субарктических регионах в период осеннего перемешивания. Накопленные в снежном покрове в период длительной полярной зимы кислотные выпадения и тяжелые металлы стремительно поступают в период снеготаяния в придаточную систему оз. Имандра. В ручьях, впадающих в озеро, развивается "рН-шок", при котором щелочность воды даже при исходно высоких значениях снижается до 0, а рН - до 4,7. Одновременно, вследствие низких рН, происходит высвобождение наиболее токсичных ионных форм металлов. Но нашим оценкам, до 70% от общего поступления металлов с водосбора приходится на две недели короткого периода снеготаяния.

Ежегодное поступление фосфора в последние годы оценивается в 91,1 т; выносится со стоком - 49,5 т. Наибольшая нагрузка приходится на плес Большая Имандра, наименьшая - на плес Бабинская Имандра. С речным стоком ежегодно поступает 11,8 т фосфора и 123,8 т азота, что значительно ниже по сравнению со стоками предприятий. Следует также учитывать, что озеро получает фосфор со стоками апатитовой индустрии и, хотя в минералах апатита он прочно связан в кристаллических решетках, под влиянием микробиологической деятельности все же может вовлекаться в круговорот веществ в озере.